肿瘤标志物作为癌症诊疗的重要分子指标，长期依赖蛋白组学技术的支持。然而，肿瘤本质上是一种高度异质性的疾病，其关键蛋白往往具有丰富的翻译后修饰（PTMs）和变异异构体（proteoforms）。这些精细分子特征常常在Bottom-Up蛋白质组学中被忽略，制约了肿瘤标志物的发现深度与精准度。Top-Down蛋白质组学是一种直接分析完整蛋白质（而非肽段）的质谱技术，能够保留蛋白质的翻译后修饰（PTMs）、剪接变体和蛋白质异构体信息，通过直接分析完整蛋白质分子，实现蛋白质变体的全面解析，正成为破解肿瘤复杂性的重要工具。Bottom-Up蛋白质组学虽然广泛应用于肿瘤研究，但其“肽段为基础”的策略难以保留完整蛋白质的信息，如剪切异构体、翻译后修饰（PTMs）等，限制了其在精准标志物解析中的表现。相比之下，Top-Down蛋白质组学技术通过直接分析完整蛋白质分子，可在保持原始结构完整性的同时，精确捕捉各种蛋白质异构体。这使其在肿瘤标志物发现中展现出独特优势。

一、解析蛋白质异构体，揭示肿瘤异质性本质

Top-Down技术能直接分析蛋白质的全长序列和PTM组合，识别同源蛋白的不同变体（proteoforms）。例如，p53蛋白的不同磷酸化、乙酰化修饰状态在肿瘤发生发展中具有完全不同的功能意义。Bottom-Up方法无法精准识别这些差异，而Top-Down方法则可区分并量化这些功能性变体，助力揭示肿瘤细胞表型背后的分子机制。

二、靶向低丰度蛋白，提升早期诊断灵敏度

许多具有潜力的肿瘤标志物（如循环肿瘤细胞分泌的信号蛋白）丰度极低、异构体多。Top-Down蛋白质组学结合高分辨质谱与前处理富集策略，可在复杂背景下捕捉这些低丰度蛋白，尤其适用于血液、尿液等体液样本，提升早期肿瘤筛查的特异性和灵敏度。

三、多位点修饰分析，赋能功能性标志物筛选

在癌症进展中，许多关键蛋白同时携带多种翻译后修饰（如磷酸化、泛素化、甲基化等）。Top-Down策略可同时解析这些修饰的空间组合，有助于区分“修饰指纹”对蛋白功能的调控，从而筛选出更具功能意义和临床价值的候选标志物。

四、构建Proteoform图谱，助力亚型分类与个体化治疗

通过Top-Down蛋白质组学构建特定癌种的proteoform图谱，有助于识别不同肿瘤亚型之间的关键分子差异。例如在乳腺癌研究中，不同proteoform模式已被用于区分ER阳性与HER2阳性亚型。这一策略为精准分型与靶向治疗提供了分子依据。

五、结合AI算法，推动标志物大规模发现与验证

当Top-Down蛋白质组数据与机器学习算法结合后，可在多组学背景中识别高价值生物标志物特征。数据驱动的模型不仅提高了候选标志物的识别效率，还提升了其跨平台、跨人群的可重复性。随着质谱技术的通量提升，Top-Down策略正逐步向临床转化迈进。

Top-Down蛋白质组学在肿瘤标志物研究中展现出结构解析深度高、修饰识别能力强、异构体区分精细等独特优势。作为一家专注于前沿蛋白组技术的科研服务企业，在百泰派克生物科技，我们整合高分辨率Orbitrap质谱平台、定制化富集方案与AI辅助分析流程，打造面向科研与临床转化的Top-Down蛋白质组学服务体系。期待与您共同推进肿瘤精准医学的发展。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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